Die Arbeit des Aufsichtsrats wird unterstützt durch vier von ihm eingerichtete Ausschüsse. Sie haben die Aufgabe, Beschlüsse des Aufsichtsrats vorzubereiten sowie Themen zu bearbeiten, die im Plenum behandelt werden. In einzelnen Fällen hat der Aufsichtsrat Entscheidungsbefugnisse auf die Ausschüsse übertragen.

Mit Ausnahme des Prüfungsausschusses, dem das Aufsichtsratsmitglied Hero Brahms vorsteht, führt der Aufsichtsratsvorsitzende in den Ausschüssen den Vorsitz.

Der Prüfungsausschuss hat im abgelaufenen Geschäftsjahr dreimal getagt. Schwerpunkte seiner Arbeit waren dabei die Prüfung des Jahres- und des Konzernabschlusses der Wincor Nixdorf AG und die Finanzplanung für das Geschäftsjahr 2008/2009. Weitere Themen waren der Risikobericht und das Risikomanagement der Gesellschaft sowie Maßnahmen zum weiteren Ausbau des Compliance-Programms.

Der Personalausschuss hat in seiner Sitzung vom 27. November 2007 die Ausgabe von Aktienoptionen an die Mitglieder des Vorstands beschlossen.

Der zum Ende des Geschäftsjahres 2006/2007 neu eingerichtete Nominierungsausschuss tagte im abgelaufenen Geschäftsjahr am 21. Juli und am 23. September 2008, um eine Nachfolgeregelung für den Vorschlag des Aufsichtsrats an die Hauptversammlung zu den anstehenden Aufsichtsratswahlen vorzubereiten, da die Amtszeiten von drei Anteilseignervertretern im Aufsichtsrat zur Hauptversammlung im Januar 2009 enden werden.

Der Vermittlungsausschuss musste auch im abgelaufenen Geschäftsjahr nicht einberufen werden. Weitere Ausschüsse bestehen nicht.