Die Wincor Nixdorf AG wird von einem vierköpfigen Vorstand geführt. Vorstandsvorsitzender ist Eckard Heidloff. Dem Vorstand gehören außerdem Stefan Auerbach, Jürgen Wilde und Dr. Jürgen Wunram an. Jürgen Wilde wird sein Mandat mit Ablauf der Hauptversammlung am 28. Januar 2008 aus gesundheitlichen Gründen niederlegen. Der Aufsichtsrat des Unternehmens hat Herrn Wildes Wunsch in seiner Sitzung am 18. September 2007 entsprochen. Zugleich wurde beschlossen, die Anzahl der Mitglieder im Vorstand der Wincor Nixdorf AG von vier auf drei zu verringern.

Der Vorstand leitet die Gesellschaft in eigener Verantwortung. Die Geschäfte führt er nach den gesetzlichen Vorschriften, der Satzung der Wincor Nixdorf AG und der Geschäftsordnung für den Vorstand. Im Mittelpunkt aller Entscheidungen und aller Handlungen steht dabei, die Interessen des Unternehmens zu wahren. Beschlüsse werden grundsätzlich mit einfacher Mehrheit getroffen. Bei Stimmengleichheit zählt die Stimme des Vorstandsvorsitzenden doppelt. In der Geschäftsordnung für den Vorstand sind bestimmte Geschäfte definiert, die der Zustimmung durch den Aufsichtsrat bedürfen.

Die strategische Ausrichtung des Unternehmens stimmt der Vorstand mit dem Aufsichtsrat ab und setzt sie verantwortlich um. Dabei achtet er darauf, dass die im Unternehmen eingesetzten Instrumente effektiv und effizient sind. Ziele von Wincor Nixdorf sind, die Kunden besser als der Wettbewerb zu bedienen und den Unternehmenswert nachhaltig zu steigern. Die Planungs-, Kontroll- und Risikomanagementsysteme haben deshalb einen hohen Stellenwert in der Unternehmensführung. Mit diesen Instrumenten wird das Unternehmen gesteuert.

Der Vorstand informiert den Aufsichtsrat regelmäßig, zeitnah und umfassend über alle relevanten Fragen der Planung, Geschäftsentwicklung und Risikosituation. Abweichungen von der Planung oder bei den festgelegten Zielen werden dem Aufsichtsrat berichtet und erläutert.