Wincor Nixdorf arbeitet ständig daran, die Kostenstruktur zu verbessern. Die Bruttomarge des Umsatzes vor Ergebnisbelastung aus dem Carve-out (Glossar)  verbesserte sich aufgrund der schon beschriebenen Skaleneffekte leicht und beläuft sich auf 27,6 % (2005/2006: 27,5 %). Das konzernweite Programm »Prolmprove« bildet die Grundlage für ein effizientes Kostenmanagement. Die Vertriebs- und Verwaltungskosten inklusive der sonstigen betrieblichen Erträge und Aufwendungen beliefen sich auf insgesamt 308 Mio. € (2005/2006: 287 Mio. €). Gemessen am Umsatz konnte die Vertriebs- und Verwaltungskostenquote im abgelaufenen Geschäftsjahr um 0,3 Prozentpunkte auf 14,4 % (2005/2006: 14,7 %) gesenkt werden.

Die Forschungs- und Entwicklungskosten erhöhten sich um 10 Mio. € auf 97 Mio. € (2005/2006: 87 Mio. €) und lagen somit 11 % über dem Vorjahreswert. Die F&E-Quote lag im Vergleich zum Vorjahr unverändert bei 4,5 %.